持续一年的奥姆真理教祸乱日本和埃博拉病毒危机，终于在九四年夏天结束的时候，随着中国向日本提供了解救埃博拉病毒的疫苗，出现了转折。失去了对高致死病毒畏惧的日本当局和自卫队，开始对已经后继无力的真理军发动了气势汹汹的反攻。

其实，对于真理教打击最严重的并不是自卫队大规模的反攻和围剿，而是教众信仰的破裂。由于奥姆真理教的“真神”麻原彰晃号称埃博拉病毒是灭世的征兆，末世已经来临，只有信仰他才能够得救。可现如今，不信仰他而且唾弃他的日本当局已经获得了解救病毒的方法，现在不需要信仰他就能得救，而日本当局总之还是让大部分日本人感觉到安全和正常的，但动辄人道毁灭，用沙林毒气屠城的奥姆真理教，在人们反应过来后，怎么看都像是恐怖组织。

失去了信仰的奥姆真理教不断出现了教众反水，将重要的地方教会组织所在地和干部名单上交政府的情况。这使得基层的奥姆真理教组织遭到了重要打击，甚至还出现了应该算是最忠诚的真理军士兵主动投敌，并且充当带路党，清缴真理军城市游击队的情况。

这样的情况持续了近一个月后，真理教再度遭遇了重大打击——真理军实际的最高军事指挥官青木元不知所踪。外界推测他是看出了奥姆真理教的穷途末路，不愿为奥姆真理教陪葬所以才逃走了。考虑到这个“名将”埋葬了上千名自卫队士兵的性命，就算他投靠自卫队，自卫队也不可能善罢甘休。

随后这个名字变得特别有传奇色彩，传言日本自卫队重金悬赏想要抓捕青木元，让他付出代价；也有人说自卫队求贤若渴，希望冰释前嫌，邀请这位军事头脑和天赋过人的将才加入自卫队；还有人说青木元早已逃离日本，去到了巴布亚新几内亚，加入了一个用并组织，继续着他的传奇。

不管怎样，青木元的消失，使得本来就算不上精锐的真理军不仅群龙无首而大乱，而且失去了统一的指挥，各个真理军分支在得不到有效支援的帮助下，最终被各个击破，甚至直接向自卫队缴械投降。

首相细川护熙也打出了“国家和解”的旗号，号称只要向政府和自卫队投降，一切罪责既往不咎，为的就是尽快平息这场持续一年时间的****，让日本从压抑和消沉中快速恢复正常。

这位顶住了辞职压力，甚至不惜用战时手段强硬解散国会，并且专断独行，虽然饱受非议，但是不能不说他的种种行动还是真的有利于日本的。可随着真理教濒临覆灭，日本上下绝对不能够容许这样一个首相继续担任下去，甚至还有一些人认为细川护熙是对整场危机富有重大责任的，不仅无功，而且要追责。而细川护熙也确实犯了一些错误，屁股上不干净，为反对派将他放倒提供了口实。

真理教叛乱的余波直到1995年年中才算是彻底平静，正常变乱之中，由于病毒和战乱先后死亡的日本人，近三十万人，在这样一个现代国家几乎是难以想象的事情。且不论造成的人员伤亡，真理军故意地破坏日本各大主要城市的设施，对于城市经济圈造成了重大破坏。在这一年的时间中，日本经济别说增长，甚至还大伤元气，硬件上的损伤总有一天还会建好，但由于长达一年时间日本产品无法出口国外，导致了如中国、南洋、朝鲜等国的商品迅速夺占了日本产品原来取得的高地。

由于埃博拉病毒的缘故，美国并没有对日本进行多么大的支持，虽然这并不是不能理解的，但日美同盟关系还是因此受到了一些影响。日本遭受这场危机所丢失的还不仅仅是经济、人口和信任等，东海之珠的钓鱼岛列屿也被中国收回，虽然那里无法兴建大规模的军事基地。但是中国以援助日本为名在那里搞了简易的无人机基地，在那里起飞的无人机可以探查到琉球甚至日本本土的军事情报，日本在西太平洋地区的整个防守态势都严重恶化了。

这同样是美国十分忧虑的一方面，于是在日本结束其****之后，美国私下里向日本表示，会对日本的国家正常化，以及军事能力增强，进行必要的支持和增援。这让很多日本的右翼势力十分振奋，似乎借助中国不断前出海洋而造成的“对世界和平的威胁”的大环境，日本终于可以慢慢地从二战后那个被阉割的国家，慢慢转正成正常化的国家了。

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